تونی در ۲۰ خرداد ۱۳۹۱ با امضای قراردادی یک ساله، وظیفهٔ سرمربیگری باشگاه تراکتورسازی تبریز را برعهده گرفت. وی در مورد هواداران این باشگاه گفتهاست: «در ۳۴ سال بازی و مربیگری در تیمهای مختلف چنین استقبالی را از یک تیم ندیده بودم. تماشاگران تبریزی در هر بازی و یا سر تمرین طوری در ورزشگاه حضور مییابند که انگار آن روز را برای تیم جشن گرفتهاند. من در بنفیکا هم چنین هواداران پرشوری ندیده بودم.»[۲][۳]
این مربی با کسب پیروزی ۵ بر ۰ در برابر باشگاه گهر، بهترین برد تاریخ باشگاه تراکتورسازی را در لیگ برتر فوتبال ایران برای این تیم کسب کرد.[۴] افزون بر این با برد ۴ بر ۱ برابر باشگاه سپاهان، سنگینترین باخت سپاهان را در تاریخ لیگ برتر به این باشگاه تحمیل کرد.[۵] با این حال، در لیگ قهرمانان آسیا نتوانست با تراکتورسازی -که برای نخستین بار حضور در این رقابتها را تجربه میکرد- از مرحله گروهی صعود کند. در روزهایی که تونی وظیفه هدایت تراکتورسازی را برعهده داشت، شبکه تلویزیونی SIC پرتغال مستندی از زندگی تونی در تبریز و محبوبیت وی در نزد هواداران تراکتورسازی تهیه و پخش کرده بود.[۶]
با وجود کسب رتبه دوم در جدول لیگ برتر و کسب سهمیه آسیا و علیرغم مخالفت اکثریت هواداران،[۷] تونی در فاصله ۲ هفته مانده به پایان فصل، در ۱۲ اردیبهشت ۱۳۹۲ از سوی مسئولان باشگاه، به دلیل کسب نتایج ضعیف، کنار گذاشته شد؛[۸]هر چند مسائل مالی و افزایش نرخ ارز نیز در اخراج وی بیتاثیر نبودند.[۹] وی در هنگام ترک تبریز، در میان بدرقه هواداران تراکتورسازی و با چشمانی اشکبار گفت: «من همه شما را دوست دارم و در قلبم جا دارید. هر وقت بخواهید به تراکتور برمیگردم؛ ولی بالاخره تصمیمی است که گرفته شده و امیدوارم تیم تراکتور موفق شود. من خاطرات خیلی خوبی با تراکتور و هواداران این تیم دارم. همیشه رابطهام با هواداران خوب بوده است؛ ولی باشگاه مرا خراب کرد.»[۱۰] محمدحسین جعفری، مدیرعامل وقت باشگاه تراکتورسازی نیز، در همان روزی که تونی تبریز را ترک کرد، از سمت خود استعفا داد.[۱۱]
بازگشت به تراکتورسازی
تونی در اواخر فصل بعد (۹۳–۱۳۹۲) پس از استعفای مجید جلالی دوباره به عنوان سرمربی تراکتورسازی انتخاب شد.[۱۲] او توانست با قهرمانی در جام حذفی، تراکتورسازی را به نخستین عنوان قهرمانی تاریخ خود در سطح اول فوتبال ایران برساند.